在中藥復方整體的定性（即全部化學成分）、定量（即復方間量比關系）知之甚少的情況下，中藥復方的化學成分分析是一項難度極大、極富挑戰的任務。多年來，中醫藥學者不懈努力，建立了眾多中藥復方化學成分的分析方法。

　　普通化學分析法

　　采用薄層掃描和紫外吸收光譜法比較左金丸及吳萸圓方中黃連主要成分小檗堿的濃度，發現水煎液中小檗堿溶出率降低，反映了傳統用兩藥配伍多采用丸劑的合理性；采用絡合滴定法考察清熱瀉火方劑中生石膏與甘草配伍對鈣鹽煎出率的影響，結果發現二者配伍可使硫酸鈣煎出率降低；以單掃描伏安法聯合氣相色譜-質譜法從分子結構和化學平衡角度研究復方枳術丸組方，發現了劑量、工藝等因素對有效成分含量的影響；以液相色譜法測定不同比例白芍與生甘草配伍后水煎液中葡萄苷、甘草酸的含量，結果發現與單味白芍水煎液相比，白芍與生甘草以3:2，2:1比例配伍，芍藥苷含量基本無變化，比例為1:1時，芍藥苷含量下降。

　　將體外分析方法與體內實驗研究相結合，用體外模擬實驗研究的方法，探討麻杏石甘湯劑、散劑及同劑型的單味藥在人工胃液、胃-腸液中的成分，同時給兔灌胃進行對照實驗，以石油醚、氯仿、醋酸乙酯對胃、胃-腸容物進行提取分離，對其主要成分溶出度含量變化規律及4種溶劑分步提取的化學成分、pH變化進行分析，結果發現，各部位提取物 的總體化學成分及主要成分含量的變化規律與對照組一致，證實了體外模擬法在中藥復方化學成分研究中的可行性。

　　多種分析方法聯用

　　作為液相色譜技術的補充和發展，對于中藥復方中大量未知組份的定性通常需借助于聯合技術，包括液相色譜和質譜（LC-MS）聯用、液相色譜-質譜-質譜（LC-MS-MS）聯用、毛細管電泳-質譜（CE-MS）聯 用、氣相色譜-質譜（GC-MS）聯用、氣相色譜-熒光分光光度（GC-FTIR） 聯用和液相色譜-紫外分光光度法（LC-UV）聯用等。以當歸補血湯為例，液相色譜統一方法為其突破口，提出了對中藥復方從非水反相（異丙醇、 甲醇）到純水反相進行系統分離摸索，并對黃芪中66個化學成分、當歸中78個化學成分和當歸補血湯中71個化學成分進行了液相色譜a，c指數和紫外光譜的測定。通過此項研究發展了復雜樣品的智能優化和峰識別的方法及軟件，確定了黃芪分離的多階梯多二元流動相梯度條件，通過中藥復方與其單味藥所有化學成分的比較發現：黃芪與當歸有很多共同的化學成分，但含量不一樣。將當歸補血湯與黃芪和當歸對比發現，當歸補血湯配伍后沒有主要化學成分的產生或消失，但有含量上的變化。

　　zui近，分子生物學技術得到長足發展，也為中藥復方物質基礎的分析方法帶來了新的契機。隨著基因芯片技術、基因組與蛋白質組分析相關技術的建立，中藥復方多組份、多靶點、多途徑作用特點必將與相應的基因、蛋白表達起來，人們通過比較藥物治療前后其各自不同的差異表達譜，可確定不同配伍組方對應的基因及蛋白表達靶點。根據表達的器官特異性及表達水平、中藥復方君臣佐使理論及用藥劑量的關聯性、不同配伍組方對應基因及蛋白靶點的相互作用，可分析復方中各組成、各單味藥之間的密切關系，從而闡明藥物作用的物質基礎及內在配伍規律。應用基因芯片技術、差異蛋白質表達技術、多維色譜差異顯示技術、智能多模式多柱色譜表達技術、激光共振電離光譜結合色譜技術等分析方法，可從不同角度去研究中藥復方藥物組份的“黑箱”和方劑體內效應的“黑箱”，并在此基礎上分析有效復方的定性、定量特征及其與機體相應酶、受體、基因和蛋白質表達差異的關系，將有可能發現治療特定疾病的中藥復方有效物質，推動中藥新藥的開發。