二氧化碳培養搖床的工作原理主要分為兩部分：一是通過吸附劑選擇性吸附二氧化碳，二是通過溫度控制和振蕩實現細胞或微生物培養。
具體來說，二氧化碳培養搖床通常由兩個塔組成，一個塔用于吸附二氧化碳（adsorption tower），另一個塔則用于脫附二氧化碳（desorption tower）。在脫附塔內部，通過升高溫度或者降低壓力的方法，使吸附劑中被吸附的二氧化碳分子釋放出來，從而使吸附劑得以再次利用。此外，二氧化碳培養搖床還具備溫度控制和振蕩功能，以滿足細胞或微生物培養的需求。
在使用二氧化碳培養搖床時，需要注意以下幾點：
在轉速范圍內中速使用，可延長儀器的使用壽命。
儀器應放置在平整的地面上，環境應清潔整齊，溫度適中，通風良好。
使用前，先將調速旋鈕置于最小位置，裝瓶時應將所有試瓶位布滿，各瓶的培養液應大致相等。若培養瓶不足數，可將試瓶對稱放置或裝入其它等量溶液的試瓶布滿空位。
使用完畢時應先將振蕩速度調至并關閉振蕩開關及控溫開關，然后再關閉總電源。