非固定化脂肪酶通常需在2–8℃冷藏保存，部分特殊制劑可能要求-20℃冷凍儲存，且應避免反復凍融，以維持其生物活性。
由于非固定化脂肪酶是游離狀態的生物大分子，對環境敏感，儲存時需特別注意以下事項：
1、溫度控制：多數脂肪酶在2–8℃下可長期穩定保存。若為凍干粉或液態酶，短期運輸或使用可耐受室溫，但長期儲存必須低溫，部分產品如北京廠家提供的非固定化脂肪酶則建議-20℃保存。
2、防反復凍融：液態酶制劑每次凍融都可能導致部分失活，建議收到后按單次用量分裝，避免反復解凍。
3、避光防潮：酶制劑易受光照、濕度影響而降解，應存于干燥、避光環境中，理想條件為低溫+干燥器內保存。
4、盡快使用：即使在適宜條件下，酶活力仍會隨時間緩慢下降，建議盡早使用以保證活性。
5、避免污染：取用時使用潔凈器具，防止微生物污染或交叉污染，影響酶活性與實驗結果。
此外，脂肪酶為蛋白質類物質，長期接觸可能引起個別人群過敏反應，操作后應及時用溫水和肥皂洗手，并存放于兒童無法觸及處。
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